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Projects

  • Centre Blaise Pascal

    Tous les projets du CBP

    • Articles

      Site projet pour l'écriture des articles du CBP et du PSMN

    • Atelier de Biologie Numérique

      Tout pour explorer les facettes du calcul scientifique utilisées en biologie.

    • Bench4GPU
    • Distonet

      Dans nos établissements, nous sommes confrontés à un dilemme : d'un côté, pour les données informatiques, les stockages, traitements, sauvegardes et archivages sont exposés à une explosion de leurs volumes. De l'autre, la chasse est lancée à une réduction des coûts informatiques. Victorieusement, ces dernières années, la virtualisation a rationalisé l'usage des matériels centraux pour offrir plus de services avec le même budget matériel. Néanmoins, il demeure un territoire où les équipements restent sous-utilisés : les postes de travail. Comment, dans un souci d'efficacité, agréger ces éléments disséminés sur un site ? Tel est l'objectif du projet DiStoNet. L'ambition est à la hauteur du gain espéré : le coût du disque dur dans une infrastructure de stockage dédié (SAN) ne représente que 10% du coût total de la solution. ...

    • gZFS

      GUI et toolbox pour les stockages ZFS on Linux

    • HPL sur GPU

      Le LinPack est le test utilisé par le consortium Top500 pour évaluer la puissance des super-calculateurs.

      Une implémentation portable, HPL, a été développée par A. Petitet, R. C. Whaley, J. Dongarra, A. Cleary et publiée sur NetLib.

      Leur usage de BLAS comme librairie de base d'algèbre linéaire en fait un excellent exercice pour l'utilisation de ses différentes implémentations :...

    • Python OpenGL pour les Nuls

      Les exemples de Python OpenGL du net modifiés pour fonctionner sous Debian en Python 2 et Python 3

    • SIDUS

      En industrie, il existe l'approche COTS pour Commercial Off the Shelf.

      Offrir à un utilisateur un environnement complet en quelques secondes, simplifier la gestion de centaines de noeuds de calcul, de postes mutualisés ou de stations de travail personnelles, limiter l'empreinte du stockage de l'OS sur ses machines, analyser des machines compromises sans démonter quoique ce soit, tester de nouveaux équipements sans installer de système : tel est l'objectif de SIDUS (pour Single Image Distributing Universal System). Initiée au Centre Blaise Pascal (Université de Lyon) dès février 2010 pour factoriser le travail de son seul administrateur système (et 180 machines), il est maintenant utilisé par le centre de calcul (PSMN), des laboratoires de l'ENS-Lyon....

    • Sidus for Labs
    • Stockage pour les Laboratoires

      Le stockage de données numériques et, par extension, leur sauvegarde et leur archivage, est une préoccupation majeure de nos établissements : ces données forment, de fait, les actifs primordiaux que la sécurité des systèmes d'information se doit de préserver. ...

  • Centre International de Recherche en Infectiologie

    Tous les projets du laboratoire international CIRI.

  • Chimie Théorique
    • OpenPath

      The OpenPath project has been renamed into Opt'n Path.
      Check it at:
      http://pfleurat.free.fr/ReactionPath.html

    • Opt'n Path

      Opt'n Path is a free software to construct and optimize reaction paths. Its originality lies in the 'chemical' way used for the path construction: reactants and products are described in terms of chemical groups. This makes Opt'n Path very efficient for the construction of the initial path, as well as for the path optimization towards the Minimum Energy Path....

    • QMX

      This version is deprecated: this work is being integrated into the official distribution of ASE:
      https://wiki.fysik.dtu.dk/ase/
      QMX is a python module to conduct QM/MM and QM/QM' calculations. It is based on the Atomic Simulation Environment, written...

    • scripts_chimie4psmn

      Dépôt des scripts et outils, du labo de Chimie Théorique, utilisables au PSMN

      • DockOnSurf

        DockOnSurf

      • SolvHybrid

        SolvHybrid is a python package to perform approximate QM/MM simulations for assessing solvation energies of molecules at solid/water interfaces

  • Chantier HN Triangle
    Le chantier transversal Humanités Numériques du laboratoire Triangle utilise cet espace pour stocker la documentation de ses projets et de ses différentes activités. On y trouve notamment :
    • la documentation, forge et wikis et de chacun des projets de corpus numériques ou projets de développement de notre labo...
    • Corpus PEDT

      Corpus rassemblant les documents officiels des académies de leur "Projet Education de Territoire"

    • HyperMachiavel

      Lieu de stockage et d'information concernant le projet Logiciel "HyperMachiavel", outil d'alignement de textes parallèles et d'indexations lexicales et d'équivalences traductionnelles.

    • BaseImmo
    • NouvellesItaliennes19eme

      Avec Marco Borelli

  • Hyperdonat

    Hyperdonat

  • OC en ligne
  • Institut de Génomique Fonctionnelle de Lyon

    Pour tout renseignement sur l'institut : http://igfl.ens-lyon.fr

  • LBMC
    • BoT

      BoT (stands for Bag of Tasks) is an R package allowing to distribute independent tasks over many cores and many computing nodes. The simple fact that BoT is based on the process forking feature and task locking over file system makes BoT compatible with most of computing infrastructures (multicore, clusters, grids, clouds). Using BoT, each task is a set of parameters associated with a user-defined function built on an R process. Next step consists in forking this R process for each core of the computing node. Finally, the forked set of tasks is randomized and executed in a parallel way. When a task starts a distributed lock is taken. This avoids redundant task execution. When a task is ended, result is dumped into a file. BoT is used to compute NGS data in the SiGHT project context (ERC-StG2011-281359). BoT has been tested on two infrastructures: Grid'5000 experimental testbed (https://www.grid5000.fr) and PSMN computing center of ENS de Lyon (http://www.ens-lyon.fr/PSMN). For more information on how to use bot, have a look on the examples of the help ?bot::run_engine and ?bot::botapply....

    • CacheCache
    • MyLabStocks

      Project Has Moved

      Since the 31 may 2021, MyLabStocks project has moved to https://gitbio.ens-lyon.fr.

      The new URL of the project is: [[https://gitbio.ens-lyon.fr/LBMC/yvertlab/mylabstocks]]

      Thank you for your consideration.

      Old Documentation...

    • NucleoMiner
      
Welcome to *NucleoMiner2*
*************************

* Readme / Documentation for *NucleoMiner2*

  * License

  * Installation Instructions

* Tutorial

  * Experimental Dataset, Working Directory and Configuration File

  * Preprocessing Illumina Fastq Reads for Each Sample...
    • Quantitative Yeast Two Hybdrid
  • Laboratoire de l'Informatique et du Parallélisme
    • Global Transformations
    • Benchmark Grid5000

      Projet pour le dépot de documents relatifs aux mesures de performances du stockage Grid5000

    • CIAB

      CIAB (Cluster In A Box) is devoted to the simulation of a cluster on a “many cores” (“many” possibly beeing as small as 8 and as large as 256) box, using Xen virtualization.

    • Crunch Users

      L'espace public destiné aux utilisateurs des machines expérimentales crunch.

      Voir le Guide d'utilisation des machines crunch

    • CVP

      CVP: closest vector problem computing on lattices in Python/Sage

    • Linear Arithmetic
    • MEPlib

      A library for the computation of machine-efficent polynomial approximations of univariate functions.

    • Projet LIP Test
    • Pobyso

      Bindings to the Sollya floating-point code development workbench for different environments.
      To start with :
      - C language;
      - Python and Sage.

      Pobyso stands for 'PO'wered 'BY' 'SO'llya.

    • XLcloud
  • Laboratoire Environnement Ville et Société
  • Laboratoire ICAR

    Projets et espace collaboratif pour le laboratoire ICAR

    • PALAFRA

      Passage du latin au français

    • CCC

      SVN + tickets + Roadmap des projets de la CCC

    • Plateforme TXM

      La textométrie, née en France dans les années 80, a développé des techniques puissantes et originales pour l’analyse de grands corpus de textes. Reprenant les acquis de la lexicométrie et de la statistique textuelle, elle propose des outils et des méthodes éprouvés dans de multiples branches des SHS et statistiquement solidement fondés....

  • Laboratoire Joliot Curie

    Projets ou espace collaboratif pour le Laboratoire Joliot Curie

  • Laboratoire RDP

    Tous les projets du Laboratoire Reproduction et Développement des Plantes.

    • Biophysics Team

      The Biophysics and Development Team is part of the RDP Lab. It focuses on morphogenesis at the shoot apex. Our research is conducted along four axes: Mechanics of morphogenesis; Floral Growth Patterns; Mechanical Feedbacks; Modelling Plant Morphogenesis....

      • AFM_plane
      • AFM_plugin
      • AniFilters : Anisotropic Diffusion Blur

        PDE-based algorithm to reduce noise in grey-scale image, while keeping and reinforcing linear or planar structures in 2D or 3D images respectively (Hessian based anisotropic filter) or keeping sharp edges between objects (gradient based anisotropic filter)....

      • Cell Division Rule

        This is a repository of the codes corresponding to the publication M. Louveaux, J.-D. Julien, V. Mirabet, A. Boudaoud* & O. Hamant*. A cell division rule based on tensile stress in Arabidopsis thaliana. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 113, E4294–E4303 (2016)....

      • Dandelion pappus morphing

        Plants can generate motion by absorbing and releasing water. By investigating the structure and properties of the actuator cell walls we have identified the mechanism by which the dandelion pappus closes and developed a structural computational model that can capture observed pappus closing....

      • FibrilTool: an ImageJ plug-in to quantify fibrillar structures

        Arezki Boudaoud, Agata Burian, Dorota Borowska-Wykręt, Magalie Uyttewaal, Roman Wrzalik, Dorota Kwiatkowska & Olivier Hamant, FibrilTool : an ImageJ plug-in to quantify fibrillar structures in raw microscopy images, Nature Protocols. Feb 2014, Vol. 9 Issue 2, p457, 7 p. DOI: 10.1038/nprot.2014.024...

      • FLORIVAR

        This is a repository for image analysis and morphological quantification codes used for the preprint Diego A. Hartasánchez, Annamaria Kiss, Virginie Battu, Mathilde Dumond,
        Charline Soraru, Abigail Delgado-Vaquera, Florian Massinon, Marina Brasó-Vives, Corentin Mollier, Nelly Dubrulle, Fabien Sénéchal, Marie-Laure Martin-Magniette, Arezki Boudaoud, Françoise Monéger,         Robustness of organ morphology is associated with modules of co-expressed genes related to plant cell wall...

      • lsm3d

        This is a repository of the source code corresponding to the article A. Kiss, T. Moreau, V. Mirabet, C. I. Calugaru, A. Boudaoud, P. Das. Segmentation of 3D images of plant tissues at multiple scales using the level set method. Plant Methods, 13, 114...

      • Vascular Networks in Growing Leaves

        This is a repository of the codes corresponding to the publication Y. Bar-Sinai, J.-D. Julien, E. Sharon*, S. Armon, N. Nakayama, M. Adda-Bedia & A. Boudaoud*. Mechanical Stress Induces Remodeling of Vascular Networks in Growing Leaves. PLoS Comput. Biol. 4, e1004819 (2016)....

    • RDPSharedNotebook

      Projet visant à partager du code et des notebooks au niveau du laboratoire RDP.

    • Manuscrit supp notes mohammed

      Genome paper, manuscrit étendu préparé par MB, contenant aussi textes des partenaires compilés et corrigé (Mohammed)

  • Mon projet pour les nuls

    Ce projet vise à donner quelques rudiments pour l'usage de cette forge.

    Lisez le wiki !

  • Nouveau socle

    Toutes les informations sur le projet de refonte du socle technologique du programme Persée...

  • Pôle de Diffusion des Savoirs

    La diffusion et la médiation des savoirs s'enracine au coeur des laboratoires et s'appuie fortement sur les outils numériques notamment le web mais pas seulement. Cette présence au sein de la forge du CBP est l'expression du souci de veille et d'innovation porté par les missions du pôle....

    • ENVeMeDiS

      ENVeMeDiS

      Exploration de nouveaux vecteurs de médiation et de diffusion des savoirs

      Le but de ce projet est de réunir, d'expérimenter et de renseigner des logiciels ou morceaux de logiciels mis en oeuvre pour faciliter le passage des résultats et des outils scientifiques des laboratoires vers l'univers de la formation et de l'éducation....

  • Revues scientifiques
  • PSMN

    Tous les projets du Pole Scientifique de Modélisation Numérique

    • Dessine-moi un calcul

      Appel à projets :

      • illustrations sur le calcul intensif (vue, résultat, imagerie, films)
      • toolbox + toolchain + doc attenante, si possible ou envie de partage
  • UMPA

    Tous les projets de l'Unité de Mathématiques Pures et Appliquées

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