root / src / Calc_zmat.f90
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| 1 |
SUBROUTINE Calc_Zmat(na,atome,ind_zmat,val_zmat,x,y,z, & |
|---|---|
| 2 |
r_cov, fact) |
| 3 |
|
| 4 |
!---------------------------------------------------------------------- |
| 5 |
! Copyright 2003-2014 Ecole Normale Sup?rieure de Lyon, |
| 6 |
! Centre National de la Recherche Scientifique, |
| 7 |
! Universit? Claude Bernard Lyon 1. All rights reserved. |
| 8 |
! |
| 9 |
! This work is registered with the Agency for the Protection of Programs |
| 10 |
! as IDDN.FR.001.100009.000.S.P.2014.000.30625 |
| 11 |
! |
| 12 |
! Authors: P. Fleurat-Lessard, P. Dayal |
| 13 |
! Contact: optnpath@gmail.com |
| 14 |
! |
| 15 |
! This file is part of "Opt'n Path". |
| 16 |
! |
| 17 |
! "Opt'n Path" is free software: you can redistribute it and/or modify |
| 18 |
! it under the terms of the GNU Affero General Public License as |
| 19 |
! published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, |
| 20 |
! or (at your option) any later version. |
| 21 |
! |
| 22 |
! "Opt'n Path" is distributed in the hope that it will be useful, |
| 23 |
! but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of |
| 24 |
! |
| 25 |
! MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the |
| 26 |
! GNU Affero General Public License for more details. |
| 27 |
! |
| 28 |
! You should have received a copy of the GNU Affero General Public License |
| 29 |
! along with "Opt'n Path". If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>. |
| 30 |
! |
| 31 |
! Contact The Office of Technology Licensing, valorisation@ens-lyon.fr, |
| 32 |
! for commercial licensing opportunities. |
| 33 |
!---------------------------------------------------------------------- |
| 34 |
|
| 35 |
use Path_module, only : Pi,max_Z, NMaxL, Nom, KINT, KREAL |
| 36 |
use Io_module, only : IoOut |
| 37 |
|
| 38 |
IMPLICIT NONE |
| 39 |
|
| 40 |
! Number of atoms |
| 41 |
integer(KINT), INTENT(IN) :: na |
| 42 |
! Mass number of atoms |
| 43 |
INTEGER(KINT), INTENT(IN) :: atome(na) |
| 44 |
! Coordinates |
| 45 |
real(KREAL), INTENT(IN) :: x(na),y(na),z(na) |
| 46 |
! Covalent radii |
| 47 |
REAL(KREAL), INTENT(IN) :: R_cov(Max_Z) |
| 48 |
! Factor to determine connectivity |
| 49 |
REAL(KREAL) :: Fact |
| 50 |
! Zmat index and values |
| 51 |
integer(KINT), INTENT(OUT) :: ind_zmat(na,5) |
| 52 |
real(KREAL),INTENT(OUT) :: val_zmat(na,3) |
| 53 |
|
| 54 |
|
| 55 |
INTEGER(KINT), ALLOCATABLE :: LIAISONS(:,:) !(na,0:NMaxL |
| 56 |
INTEGER(KINT), ALLOCATABLE :: LiaisonsBis(:,:) ! na,0:NMaxL |
| 57 |
INTEGER(KINT), ALLOCATABLE :: LieS_CP(:,:),LieS_CF(:,:) ! (na,0:NMaxL) |
| 58 |
INTEGER(KINT), ALLOCATABLE :: NbAt3(:,:) !(Na,2) |
| 59 |
INTEGER(KINT), ALLOCATABLE :: CycleAt(:) !(Na) |
| 60 |
INTEGER(KINT), ALLOCATABLE :: CAFaire(:) ! Na |
| 61 |
|
| 62 |
Integer(KINT) :: AtTypCycl(Max_Z) |
| 63 |
Integer(KINT) :: NbCycle |
| 64 |
real(KREAL) :: vx1,vy1,vz1,norm1 |
| 65 |
real(KREAL) :: vx2,vy2,vz2,norm2 |
| 66 |
real(KREAL) :: val |
| 67 |
Logical PasFini,AtTerm,Debug,Bicycle,FLie3,FirstCycle |
| 68 |
LOGICAL, ALLOCATABLE :: Former3(:), DejaFait(:) ! Na |
| 69 |
Logical FTmp |
| 70 |
LOGICAL F1213, F1223,F1323 |
| 71 |
|
| 72 |
INTEGER(KINT) :: I,J,K, IZM, N1,n2, N3, IL, JL |
| 73 |
INTEGER(KINT) :: IdAt0, I3, IAt3, Idx3, I1, I0, IAf |
| 74 |
INTEGER(KINT) :: Izm1,Izm2, IZm3,IZm4, VCF, ICat |
| 75 |
INTEGER(KINT) :: IOld, IndFin, IdAtL, IndAFaire |
| 76 |
INTEGER(KINT) :: IAti, IAtD, IAtv, IIAtDh, IAtDh |
| 77 |
INTEGER(KINT) :: IAt0, IAta, IAt, Jat,Idx |
| 78 |
INTEGER(KINT) :: ITmp, IAtTmp, NbAt0 |
| 79 |
INTEGER(KINT) :: NbLies, ICycle, IMax |
| 80 |
REAL(KREAL) :: d,d12, d13,d32 |
| 81 |
|
| 82 |
INTERFACE |
| 83 |
function valid(string) result (isValid) |
| 84 |
CHARACTER(*), intent(in) :: string |
| 85 |
logical :: isValid |
| 86 |
END function VALID |
| 87 |
|
| 88 |
FUNCTION angle(v1x,v1y,v1z,norm1,v2x,v2y,v2z,norm2) |
| 89 |
use Path_module, only : Pi,KINT, KREAL |
| 90 |
real(KREAL) :: v1x,v1y,v1z,norm1 |
| 91 |
real(KREAL) :: v2x,v2y,v2z,norm2 |
| 92 |
real(KREAL) :: angle |
| 93 |
END FUNCTION ANGLE |
| 94 |
|
| 95 |
|
| 96 |
END INTERFACE |
| 97 |
|
| 98 |
|
| 99 |
|
| 100 |
debug=valid("Calc_zmat")
|
| 101 |
if (debug) WRITE(*,*) "========== Entering Calc_zmat ==========" |
| 102 |
|
| 103 |
FirstCycle=.TRUE. |
| 104 |
FTmp=.FALSE. |
| 105 |
NbCycle=0 |
| 106 |
DO i=1,na |
| 107 |
DO J=1,5 |
| 108 |
Ind_Zmat(i,J)=0 |
| 109 |
END DO |
| 110 |
END DO |
| 111 |
ALLOCATE(Former3(Na), DejaFait(Na)) |
| 112 |
ALLOCATE(CaFaire(Na), CycleAt(Na)) |
| 113 |
ALLOCATE(NbAt3(Na,2)) |
| 114 |
ALLOCATE(Liaisons(na,0:NMaxL),LiaisonsBis(na,0:NMaxL)) |
| 115 |
ALLOCATE(Lies_CP(na,0:NMaxL), Lies_CF(na,0:NMaxL)) |
| 116 |
|
| 117 |
|
| 118 |
WRITE(IOOUT,*) Na |
| 119 |
WRITE(IOOUT,*) 'Calc_zmat' |
| 120 |
DO I=1,na |
| 121 |
WRITE(IOOUT,*) NOM(Atome(I)),X(i),y(i),z(i) |
| 122 |
END DO |
| 123 |
|
| 124 |
if (na.le.2) THEN |
| 125 |
WRITE(*,*) "I do not work for less than 2 atoms :-p" |
| 126 |
RETURN |
| 127 |
END IF |
| 128 |
|
| 129 |
! Cas particulier: 3 atomes ou moins... |
| 130 |
if (Na.eq.3) THEN |
| 131 |
d12=sqrt((x(1)-x(2))**2+(y(1)-y(2))**2+(z(1)-z(2))**2) |
| 132 |
d13=sqrt((x(1)-x(3))**2+(y(1)-y(3))**2+(z(1)-z(3))**2) |
| 133 |
d32=sqrt((x(3)-x(2))**2+(y(3)-y(2))**2+(z(3)-z(2))**2) |
| 134 |
F1213=(d12<=d13) |
| 135 |
F1323=(d13<=d32) |
| 136 |
F1223=(d12<=d32) |
| 137 |
if (debug) THEN |
| 138 |
WRITE(*,*) "DEBUG Calc_Zmat 3 atoms" |
| 139 |
WRITE(*,*) "d12,d13,d32:",d12,d13,d32 |
| 140 |
WRITE(*,*) "F1213,F1323,F1223:",F1213,F1323,F1223 |
| 141 |
END IF |
| 142 |
if (F1213) THEN |
| 143 |
if (F1323) THEN |
| 144 |
ind_zmat(1,1)=3 |
| 145 |
ind_zmat(2,1)=1 |
| 146 |
ind_zmat(2,2)=3 |
| 147 |
ind_zmat(3,1)=2 |
| 148 |
ind_zmat(3,2)=1 |
| 149 |
ind_zmat(3,3)=3 |
| 150 |
ELSE |
| 151 |
ind_zmat(1,1)=1 |
| 152 |
ind_zmat(2,1)=2 |
| 153 |
ind_zmat(2,2)=1 |
| 154 |
ind_zmat(3,1)=3 |
| 155 |
ind_zmat(3,2)=2 |
| 156 |
ind_zmat(3,3)=1 |
| 157 |
END IF |
| 158 |
ELSE |
| 159 |
IF (F1223) THEN |
| 160 |
ind_zmat(1,1)=2 |
| 161 |
ind_zmat(2,1)=1 |
| 162 |
ind_zmat(2,2)=2 |
| 163 |
ind_zmat(3,1)=3 |
| 164 |
ind_zmat(3,2)=1 |
| 165 |
ind_zmat(3,3)=2 |
| 166 |
ELSE |
| 167 |
ind_zmat(1,1)=2 |
| 168 |
ind_zmat(2,1)=3 |
| 169 |
ind_zmat(2,2)=2 |
| 170 |
ind_zmat(3,1)=1 |
| 171 |
ind_zmat(3,2)=3 |
| 172 |
ind_zmat(3,3)=2 |
| 173 |
END IF |
| 174 |
END IF |
| 175 |
IF (debug) THEN |
| 176 |
DO i=1,na |
| 177 |
WRITE(*,*) (ind_zmat(i,j),j=1,5) |
| 178 |
END DO |
| 179 |
END IF |
| 180 |
|
| 181 |
! We have ind_zmat, we fill val_zmat |
| 182 |
val_zmat(1,1)=0. |
| 183 |
val_zmat(1,2)=0. |
| 184 |
val_zmat(1,3)=0. |
| 185 |
n2=ind_zmat(2,1) |
| 186 |
n1=ind_zmat(2,2) |
| 187 |
d=sqrt((x(n1)-x(n2))**2+(y(n1)-y(n2))**2+ & |
| 188 |
(z(n1)-z(n2))**2) |
| 189 |
val_zmat(2,1)=d |
| 190 |
val_zmat(2,2)=0. |
| 191 |
val_zmat(2,3)=0. |
| 192 |
n1=ind_zmat(3,1) |
| 193 |
n2=ind_zmat(3,2) |
| 194 |
n3=ind_zmat(3,3) |
| 195 |
CALL vecteur(n2,n1,x,y,z,vx1,vy1,vz1,norm1) |
| 196 |
if (debug) write(*,*) n1,n2,norm1 |
| 197 |
val_zmat(3,1)=norm1 |
| 198 |
|
| 199 |
CALL vecteur(n2,n3,x,y,z,vx2,vy2,vz2,norm2) |
| 200 |
val=angle(vx1,vy1,vz1,norm1,vx2,vy2,vz2,norm2) |
| 201 |
if (debug) write(*,*) n2,n3,norm2,val |
| 202 |
val_zmat(3,2)=val |
| 203 |
val_zmat(3,3)=0. |
| 204 |
|
| 205 |
RETURN |
| 206 |
END IF |
| 207 |
|
| 208 |
|
| 209 |
! Premiere etape : calcul des connectivites |
| 210 |
DO I=1,na |
| 211 |
DejaFait(I)=.FALSE. |
| 212 |
Former3(I)=.False. |
| 213 |
Do J=0,NMaxL |
| 214 |
Liaisons(I,j)=0 |
| 215 |
LiaisonsBis(I,j)=0 |
| 216 |
END DO |
| 217 |
DO J=1,5 |
| 218 |
ind_zmat(I,J)=0 |
| 219 |
END DO |
| 220 |
END DO |
| 221 |
|
| 222 |
if (debug) WRITE(IOOUT,*) "Liaisons initialiazed" |
| 223 |
! DO IL=1,na |
| 224 |
! WRITE(IOOUT,1003) Il,(LIAISONS(IL,JL),JL=0,NMaxL) |
| 225 |
! WRITE(IOOUT,1003) Il,(LIAISONSBis(IL,JL),JL=0,NMaxL) |
| 226 |
! END DO |
| 227 |
|
| 228 |
Call CalcCnct(na,atome,x,y,z,LIAISONS,r_cov,fact) |
| 229 |
|
| 230 |
if (debug) THEN |
| 231 |
WRITE(IOOUT,*) "Connections calculated" |
| 232 |
DO IL=1,na |
| 233 |
WRITE(IOOUT,1003) Il,(LIAISONS(IL,JL),JL=0,NMaxL) |
| 234 |
END DO |
| 235 |
END IF |
| 236 |
|
| 237 |
|
| 238 |
! on va maintenant trier ces connectivites en 2 : |
| 239 |
! Lies_CF : vers l'exterieur de la molecule |
| 240 |
! Lies_CP : vers l'interieur de la molecule |
| 241 |
! Pour cela, on procede 'a l'envers' : on regarde les atomes |
| 242 |
! auxquels sont lies les atomes attaches -> on remplit Lies_CF/P |
| 243 |
! et on supprime ces atomes... |
| 244 |
|
| 245 |
! v2.0 on copie Liaison dans LiaisonBis. On analyse LiaisonBis |
| 246 |
! tout en modifiant Liaison. Cela evite de fausser l'analyse: un atome |
| 247 |
! qui est lie initialement a 2 atomes (et qui n'est donc pas terminal) |
| 248 |
! peut devenir terminal en milieu de traitement si on annule la liaison |
| 249 |
! qui le liait a un atome terminal situ? avant lui... |
| 250 |
! ex: H2O code dans l'ordre H,O,H. |
| 251 |
PasFini=.True. |
| 252 |
AtTerm=.True. |
| 253 |
DO WHILE (PasFini.AND.AtTerm) |
| 254 |
PasFini=.False. |
| 255 |
AtTerm=.False. |
| 256 |
DO I=1,na |
| 257 |
DO J=0,NMaxL |
| 258 |
LiaisonsBis(I,J)=Liaisons(I,J) |
| 259 |
END DO |
| 260 |
END DO |
| 261 |
! DO IL=1,na |
| 262 |
! WRITE(IOOUT,1003) Il,(LIAISONS(IL,JL),JL=0,NMaxL) |
| 263 |
! WRITE(IOOUT,1003) Il,(LIAISONSBis(IL,JL),JL=0,NMaxL) |
| 264 |
! END DO |
| 265 |
! WRITE(IOOUT,*) "==================================" |
| 266 |
|
| 267 |
|
| 268 |
DO I=1,na |
| 269 |
if ((LiaisonsBis(I,0).eq.1).AND.Liaisons(I,0).ne.0) THEN |
| 270 |
AtTerm=.True. |
| 271 |
! On enleve cet atome |
| 272 |
Liaisons(I,0)=0 |
| 273 |
NbLies=Lies_CP(I,0)+1 |
| 274 |
Lies_CP(I,NbLies)=Liaisons(I,1) |
| 275 |
Lies_CP(I,0)=NbLies |
| 276 |
Liaisons(Liaisons(I,1),0)=Liaisons(Liaisons(I,1),0)-1 |
| 277 |
|
| 278 |
NbLies=Lies_CF(Liaisons(I,1),0)+1 |
| 279 |
Lies_CF(Liaisons(I,1),NbLies)=I |
| 280 |
Lies_CF(Liaisons(I,1),0)=NbLies |
| 281 |
|
| 282 |
Call Annul(Liaisons,Liaisons(I,1),I) |
| 283 |
|
| 284 |
END IF |
| 285 |
|
| 286 |
if (Liaisons(I,0).ge.1) THEN |
| 287 |
PasFini=.TRUE. |
| 288 |
END IF |
| 289 |
|
| 290 |
END DO |
| 291 |
if (debug) WRITE(*,*) 'PasFini, AtTerm',PasFini,AtTerm |
| 292 |
If (PasFini.AND.(.Not.AtTerm)) THEN |
| 293 |
! Pas d'atomes terminaux lors de l'exploration precedente. |
| 294 |
! On a soit une erreur, soit un cycle. Je ne sais pas encore gerer |
| 295 |
! tous les cas : on affiche un warning |
| 296 |
WRITE(*,*) "Je ne trouve pas d'atomes terminaux" |
| 297 |
WRITE(*,*) "Possibilite de molecule cyclique" |
| 298 |
WRITE(*,*) "Cas en cours de traitement: verifier l'output" |
| 299 |
! On va d'abord voir si on a des atomes li?s a plus de 2 centres. |
| 300 |
AtTerm=.TRUE. |
| 301 |
Bicycle=.False. |
| 302 |
ICycle=0 |
| 303 |
IMax=0 |
| 304 |
DO I=1,na |
| 305 |
if (Liaisons(I,0).gt.2) THEN |
| 306 |
ICycle=ICycle+1 |
| 307 |
BiCycle=.True. |
| 308 |
If (Liaisons(I,0).gt.IMax) Imax=Liaisons(I,0) |
| 309 |
Former3(I)=.True. |
| 310 |
END IF |
| 311 |
END DO |
| 312 |
IF (BiCycle) THEN |
| 313 |
! On a des atomes lies a 3 ou plus d'atomes... |
| 314 |
! donc soit des bicycles, soit plusieurs |
| 315 |
! cycles attaches par un sommet... |
| 316 |
WRITE(*,*) "On dirait un bicyle... on essaie" |
| 317 |
WRITE(*,*) ICycle, "atomes lies a plus de 2 atomes" |
| 318 |
WRITe(*,*) "Nb Attaches max:",IMax |
| 319 |
! Plusieurs cas possibles pour un bicycle: |
| 320 |
! 1) 2 cycles relies par un sommet, ICycle=2, IMax=3 |
| 321 |
! 2) 2 cycles relies par une arrete, ICycle=2, Imax=3 |
| 322 |
If (Imax.Eq.3) THEN |
| 323 |
! on doit pouvoir traiter celui la... |
| 324 |
! On classe les atomes li?s a trois atomes, par le nombre d'atomes |
| 325 |
! lies a trois atomes |
| 326 |
! auxquels ils sont li?s ... interessant pour les composes asterisques. |
| 327 |
I3=0 |
| 328 |
FLie3=.False. |
| 329 |
DO I=1,Na |
| 330 |
If (Liaisons(I,0).EQ.3) THEN |
| 331 |
I3=I3+1 |
| 332 |
K=0 |
| 333 |
DO J=1,Liaisons(I,0) |
| 334 |
If (Liaisons(Liaisons(I,J),0).Eq.3) THEN |
| 335 |
k=k+1 |
| 336 |
FLie3=.True. |
| 337 |
END IF |
| 338 |
END DO |
| 339 |
NbAt3(I3,2)=k |
| 340 |
NbAt3(I3,1)=I |
| 341 |
END IF |
| 342 |
END DO |
| 343 |
! A-t-on deux atomes a 3 lies ensemble ? |
| 344 |
IF (FLie3) THEN |
| 345 |
! on les classe pas nb at lies a 3 |
| 346 |
IAt3=0 |
| 347 |
Idx3=0 |
| 348 |
DO I=1,I3 |
| 349 |
IF (NbAt3(I,2).ge.Iat3) THEN |
| 350 |
IAt3=NbAt3(I,2) |
| 351 |
Idx3=NbAt3(I,1) |
| 352 |
END IF |
| 353 |
END DO |
| 354 |
! On va enlever ces liaisons entre atomes a 3, en les mettant |
| 355 |
! en CF de l'atome 'central' |
| 356 |
if (debug) WRITE(*,*) "Atome ",Idx3, & |
| 357 |
" retenu, li? a",IAt3," atomes 3" |
| 358 |
DO I=1,Liaisons(Idx3,0) |
| 359 |
I1=Liaisons(Idx3,I) |
| 360 |
If (Liaisons(I1,0).EQ.3) THEN |
| 361 |
if (debug) WRITE(*,*) "Traitement ",I1,Idx3 |
| 362 |
NbLies=Lies_CF(Idx3,0)+1 |
| 363 |
Lies_CF(Idx3,NbLies)=I1 |
| 364 |
Lies_CF(Idx3,0)=NbLies |
| 365 |
NbLies=Lies_CP(I1,0)+1 |
| 366 |
Lies_CP(I1,NbLies)=Idx3 |
| 367 |
Call Annul(Liaisons,I1,Idx3) |
| 368 |
Call Annul(Liaisons,Idx3,I1) |
| 369 |
Liaisons(Idx3,0)=Liaisons(Idx3,0)-1 |
| 370 |
Liaisons(I1,0)=Liaisons(I1,0)-1 |
| 371 |
END IF |
| 372 |
END DO |
| 373 |
ELSE |
| 374 |
WRITE(*,*) "Aucune liaisons entre deux atomes li?s" |
| 375 |
WRITE(*,*) "Pas encore trait?" |
| 376 |
STOP |
| 377 |
END IF !FLie3=T ? |
| 378 |
END IF !Imax=3 ? |
| 379 |
ELSE ! BiCyle ? |
| 380 |
! Un seul cycle. Facile :-) |
| 381 |
WRITE(*,*) "Un cycle identifie..." |
| 382 |
NbCycle=NbCycle+1 |
| 383 |
if (debug) WRITE(*,*) 'Considering cycle ',NbCycle |
| 384 |
If (NbCycle.ge.2) THEN |
| 385 |
! si ce n'est pas le premier cycle que l'on met, on regarde si parmi les |
| 386 |
! atomes du cycle, l'un d'eux etait avant attache a 3 atomes... |
| 387 |
I=1 |
| 388 |
DO WHILE (Liaisons(I,0).ne.2) |
| 389 |
I=I+1 |
| 390 |
END DO |
| 391 |
if (debug) WRITE(*,*) "I>2:",I,Former3(I) |
| 392 |
FTmp=Former3(I) |
| 393 |
I0=I |
| 394 |
IOld=I |
| 395 |
I1=I |
| 396 |
I=Liaisons(I,1) |
| 397 |
DO WHILE (.NOT.FTmp) |
| 398 |
I1=Liaisons(I,1) |
| 399 |
If (I1.Eq.IOld) I1=Liaisons(I,2) |
| 400 |
FTmp=Former3(I1) |
| 401 |
if (debug) WRITE(*,*) "I,I1,I0,IOld",I,I1,I0, & |
| 402 |
IOld,FTmp |
| 403 |
IF (I1.eq.I0) FTmp=.TRUE. |
| 404 |
if (debug) WRITE(*,*) "I,I1,I0,IOld",I,I1,I0, & |
| 405 |
IOld,FTmp |
| 406 |
IOld=I |
| 407 |
I=I1 |
| 408 |
END DO |
| 409 |
if (debug) WRITE(*,*) "I,I1,I0,IOld",I,I1,I0, & |
| 410 |
IOld,FTmp |
| 411 |
IF (Former3(I1)) THEN |
| 412 |
! On a notre atome particulier ... cool :-) |
| 413 |
if (debug) WRITE(*,*) "Atome former3",I1 |
| 414 |
ITmp=I1 |
| 415 |
END IF |
| 416 |
END IF ! NbCycle >=2 |
| 417 |
IF (.NOT.Ftmp) THEN |
| 418 |
if (debug) WRITE(*,*) "Pas trouve de former3" |
| 419 |
! on regarde si il y a un atome particulier.. ie un heteroatome ou autre. |
| 420 |
DO I=1,Max_Z |
| 421 |
AtTypCycl(I)=0 |
| 422 |
END DO |
| 423 |
DO I=1,na |
| 424 |
if (Liaisons(I,0).eq.2) & |
| 425 |
AtTypCycl(Atome(I))=AtTypCycl(Atome(I))+1 |
| 426 |
if (debug) WRITE(*,*) I,Atome(I), & |
| 427 |
AtTypCycl(Atome(I)), & |
| 428 |
Liaisons(I,0) |
| 429 |
END DO |
| 430 |
Itmp=NmaxL+1 |
| 431 |
IAtTmp=0 |
| 432 |
DO I=1,Max_Z |
| 433 |
If ((AtTypCycl(I).gt.0).and.(AtTypCycl(I).le.Itmp)) & |
| 434 |
THEN |
| 435 |
Itmp=AtTypCycl(I) |
| 436 |
IAtTmp=I |
| 437 |
END IF |
| 438 |
END DO |
| 439 |
if (debug) WRITE(*,*) 'Itmp,IAtTmp:',Itmp,IAtTmp |
| 440 |
! On a le type de l'atome particulier... on va prendre le premier venu |
| 441 |
DO I=na,1,-1 |
| 442 |
If ((Atome(I).eq.IAtTmp).AND.(Liaisons(I,0).Eq.2)) & |
| 443 |
Itmp=I |
| 444 |
END DO |
| 445 |
END IF |
| 446 |
if (debug) WRITE(*,*) 'Atome ',Itmp,'(',IAtTmp,') retenu'
|
| 447 |
! On va tricher en enlevant les liaisons de cet atome a la main... |
| 448 |
I0=Itmp |
| 449 |
I1=Liaisons(I0,1) |
| 450 |
DO WHILE (I1.Ne.ITmp) |
| 451 |
if (debug) WRITE(*,*) "Going from",I0,"to ",I1 |
| 452 |
! On rajoute ces deux liaisons en CF de Itmp |
| 453 |
NbLies=Lies_CF(I0,0)+1 |
| 454 |
Lies_CF(I0,NbLies)=Liaisons(I0,1) |
| 455 |
Lies_CF(I0,0)=NbLies |
| 456 |
! et les liaisons vers Itmp deviennent des CP pour les autres atomes |
| 457 |
NbLies=Lies_CP(I1,0)+1 |
| 458 |
Lies_CP(I1,NbLies)=I0 |
| 459 |
Lies_CP(I1,0)=NbLies |
| 460 |
|
| 461 |
Call Annul(Liaisons,I1,I0) |
| 462 |
Liaisons(I1,0)=Liaisons(I1,0)-1 |
| 463 |
Liaisons(I0,0)=Liaisons(I0,0)-1 |
| 464 |
|
| 465 |
DO IL=1,na |
| 466 |
WRITE(IOOUT,1003) Il,(LIAISONS(IL,JL),JL=0,NMaxL) |
| 467 |
END DO |
| 468 |
I0=I1 |
| 469 |
I1=Liaisons(I0,1) |
| 470 |
|
| 471 |
end do |
| 472 |
Call Annul(Liaisons,I1,I0) |
| 473 |
Liaisons(I1,0)=Liaisons(I1,0)-1 |
| 474 |
Liaisons(I0,0)=Liaisons(I0,0)-1 |
| 475 |
END IF |
| 476 |
END IF |
| 477 |
DO IL=1,na |
| 478 |
WRITE(IOOUT,1003) Il,(LIAISONS(IL,JL),JL=0,NMaxL) |
| 479 |
END DO |
| 480 |
! WRITE(IOOUT,*) "==================================" |
| 481 |
! WRITE(IOOUT,*) "==================================" |
| 482 |
END DO |
| 483 |
|
| 484 |
! WRITE(IOOUT,*) "==================================" |
| 485 |
! Il ne reste plus que des atomes lies a rien... |
| 486 |
! ce sont les 'centres' de la molecule. On repart |
| 487 |
! d'eux pour construire le reste de la molecule. |
| 488 |
|
| 489 |
1003 FORMAT(1X,I4,' - ',15(I5)) |
| 490 |
! Avant de partir, on va classer, pour chaque atome, les atomes CF par |
| 491 |
! nombre de masse decroissant. |
| 492 |
DO I=1,na |
| 493 |
! WRITE(*,*) I,Lies_CF(I,0),(Atome(Lies_CF(I,J)),j=1,Lies_CF(I,0)) |
| 494 |
DO J=1,Lies_CF(I,0)-1 |
| 495 |
DO K=J+1,Lies_CF(I,0) |
| 496 |
if (atome(Lies_CF(I,K))>atome(Lies_CF(I,J))) THEN |
| 497 |
Itmp=Lies_CF(I,K) |
| 498 |
Lies_CF(I,K)=Lies_CF(I,J) |
| 499 |
Lies_CF(I,J)=Itmp |
| 500 |
END IF |
| 501 |
END DO |
| 502 |
END DO |
| 503 |
! WRITE(*,*) I,Lies_CF(I,0),(Atome(Lies_CF(I,J)),j=1,Lies_CF(I,0)) |
| 504 |
END DO |
| 505 |
|
| 506 |
IF (Debug) THEN |
| 507 |
WRITE(IOOUT,*) 'LIAISONS' |
| 508 |
DO I=1,na |
| 509 |
WRITE(IOOUT,1003) i,(LIAISONS(I,J),J=0,NMaxL) |
| 510 |
END DO |
| 511 |
|
| 512 |
WRITE(IOOUT,*) 'LIes_CF' |
| 513 |
DO I=1,na |
| 514 |
WRITE(IOOUT,1003) i,(LIeS_CF(I,J),J=0,NMaxL) |
| 515 |
END DO |
| 516 |
|
| 517 |
WRITE(IOOUT,*) 'LIes_CP' |
| 518 |
DO I=1,na |
| 519 |
WRITE(IOOUT,1003) i,(LIeS_CP(I,J),J=0,NMaxL) |
| 520 |
END DO |
| 521 |
END IF |
| 522 |
|
| 523 |
|
| 524 |
! On compte le nb d'atomes sans atomes CP (centripetes) |
| 525 |
NbAt0=0 |
| 526 |
DO I=1,na |
| 527 |
IF (Lies_CP(I,0).eq.0) THEN |
| 528 |
NbAt0=NbAt0+1 |
| 529 |
IF (DEBUG) WRITE(*,*) "Center atom",NbAt0,I,Atome(I) |
| 530 |
END IF |
| 531 |
END DO |
| 532 |
|
| 533 |
! On va les traiter tous en construisant les molecules en partant d'eux |
| 534 |
! Le premier atome sans CP est different des autres car il fixe |
| 535 |
! l'origine |
| 536 |
|
| 537 |
IZm=1 |
| 538 |
! Boucle pour trouver celui qui a le plus d'atomes CF |
| 539 |
IdAt0=0 |
| 540 |
VCF=0 |
| 541 |
DO ICAt=1,na |
| 542 |
if ((Lies_CP(ICaT,0).eq.0).AND.(Lies_CF(ICAt,0).gt.VCF)) THEN |
| 543 |
IdAt0=ICat |
| 544 |
VCF=Lies_CF(ICAt,0) |
| 545 |
END IF |
| 546 |
END DO |
| 547 |
Lies_CP(IdAt0,0)=-1 |
| 548 |
|
| 549 |
! WRITE(IOOUT,*) 'Atome 1', IdAt0, Nom(Atome(IdAt0)) |
| 550 |
Izm1=IdAt0 |
| 551 |
ind_zmat(izm,1)=Izm1 |
| 552 |
ind_zmat(izm,2)=0 |
| 553 |
ind_zmat(izm,3)=0 |
| 554 |
ind_zmat(izm,4)=0 |
| 555 |
ind_zmat(izm,5)=0 |
| 556 |
val_zmat(izm,1)=0.0 |
| 557 |
val_zmat(izm,2)=0.0 |
| 558 |
val_zmat(izm,3)=0.0 |
| 559 |
DejaFait(Izm1)=.True. |
| 560 |
|
| 561 |
! Les atomes CF lies a IdAt0 sont mis en attente pour |
| 562 |
! etre traites |
| 563 |
|
| 564 |
IndFin=1 |
| 565 |
Do iaf=1,Lies_CF(IdAt0,0) |
| 566 |
CAfaire(IndFin)=Lies_CF(IdAt0,Iaf) |
| 567 |
IndFin=IndFin+1 |
| 568 |
END DO |
| 569 |
CAfaire(IndFin)=0 |
| 570 |
|
| 571 |
! On construit la premiere couche qui est speciale car elle fixe les |
| 572 |
! axes. |
| 573 |
! Plusieurs cas sont possibles suivant le nb d'atomes CF |
| 574 |
|
| 575 |
IF (Lies_CF(IdAt0,0).ge.3) THEN |
| 576 |
if (debug) WRITE(*,*) 'Cas tres simple,',IdAt0, & |
| 577 |
' li? a plus de 3 atomes' |
| 578 |
IZm2=Lies_CF(IdAt0,1) |
| 579 |
IZm3=Lies_CF(IdAt0,2) |
| 580 |
! WRITE(IOOUT,*) 'Atome 2' , Izm2, Nom(Atome(Izm2)) |
| 581 |
! WRITE(IOOUT,*) 'Atome 3' ,Izm3, Nom(Atome(izm3)) |
| 582 |
|
| 583 |
Izm=2 |
| 584 |
CALL vecteur(IZm1,IZm2,x,y,z,vx1,vy1,vz1,norm1) |
| 585 |
! write(*,11) n1,n2,norm1 |
| 586 |
|
| 587 |
ind_zmat(izm,1)=izm2 |
| 588 |
ind_zmat(izm,2)=izm1 |
| 589 |
ind_zmat(izm,3)=0 |
| 590 |
ind_zmat(izm,4)=0 |
| 591 |
ind_zmat(izm,5)=0 |
| 592 |
val_zmat(izm,1)=norm1 |
| 593 |
val_zmat(izm,2)=0.0 |
| 594 |
val_zmat(izm,3)=0.0 |
| 595 |
DejaFait(Izm2)=.TRUE. |
| 596 |
|
| 597 |
Izm=3 |
| 598 |
CALL vecteur(izm1,izm3,x,y,z,vx2,vy2,vz2,norm2) |
| 599 |
val=angle(vx1,vy1,vz1,norm1,vx2,vy2,vz2,norm2) |
| 600 |
|
| 601 |
! write(*,11) n1,n2,norm1,n3,val |
| 602 |
|
| 603 |
ind_zmat(izm,1)=izm3 |
| 604 |
ind_zmat(izm,2)=izm1 |
| 605 |
ind_zmat(izm,3)=izm2 |
| 606 |
ind_zmat(izm,4)=0 |
| 607 |
ind_zmat(izm,5)=0 |
| 608 |
val_zmat(izm,1)=norm2 |
| 609 |
val_zmat(izm,2)=val |
| 610 |
val_zmat(izm,3)=0.0 |
| 611 |
DejaFait(Izm3)=.TRUE. |
| 612 |
|
| 613 |
DO IdAtl=3,Lies_CF(IdAt0,0) |
| 614 |
Izm4= Lies_CF(IdAt0,IdAtl) |
| 615 |
! WRITE(IOOUT,*) 'Atome ',Izm+1,Izm4,Nom(Atome(Izm4)),Izm1, |
| 616 |
! $Izm2,Izm3 |
| 617 |
Izm=Izm+1 |
| 618 |
Call AddLigne(Izm,Izm4,Izm1,Izm2,Izm3,ind_zmat,val_zmat, & |
| 619 |
x,y,z) |
| 620 |
DejaFait(Izm4)=.TRUE. |
| 621 |
END DO |
| 622 |
END IF |
| 623 |
|
| 624 |
IF (Lies_CF(Izm1,0).eq.2) THEN |
| 625 |
if (debug) WRITE(*,*) 'Cas simple,',IdAt0, & |
| 626 |
' li? a 2 atomes' |
| 627 |
|
| 628 |
IZm2=Lies_CF(IdAt0,1) |
| 629 |
IZm3=Lies_CF(IdAt0,2) |
| 630 |
Izm=2 |
| 631 |
CALL vecteur(IZm1,IZm2,x,y,z,vx1,vy1,vz1,norm1) |
| 632 |
! write(*,11) n1,n2,norm1 |
| 633 |
|
| 634 |
ind_zmat(izm,1)=izm2 |
| 635 |
ind_zmat(izm,2)=izm1 |
| 636 |
ind_zmat(izm,3)=0 |
| 637 |
ind_zmat(izm,4)=0 |
| 638 |
ind_zmat(izm,5)=0 |
| 639 |
val_zmat(izm,1)=norm1 |
| 640 |
val_zmat(izm,2)=0.0 |
| 641 |
val_zmat(izm,3)=0.0 |
| 642 |
DejaFait(Izm2)=.TRUE. |
| 643 |
|
| 644 |
Izm=3 |
| 645 |
|
| 646 |
CALL vecteur(izm1,izm3,x,y,z,vx2,vy2,vz2,norm2) |
| 647 |
val=angle(vx1,vy1,vz1,norm1, & |
| 648 |
vx2,vy2,vz2,norm2) |
| 649 |
|
| 650 |
! write(*,11) n1,n2,norm1,n3,val |
| 651 |
|
| 652 |
ind_zmat(izm,1)=izm3 |
| 653 |
ind_zmat(izm,2)=izm1 |
| 654 |
ind_zmat(izm,3)=izm2 |
| 655 |
ind_zmat(izm,4)=0 |
| 656 |
ind_zmat(izm,5)=0 |
| 657 |
val_zmat(izm,1)=norm2 |
| 658 |
val_zmat(izm,2)=val |
| 659 |
val_zmat(izm,3)=0.0 |
| 660 |
DejaFait(Izm3)=.TRUE. |
| 661 |
|
| 662 |
END IF |
| 663 |
|
| 664 |
IF (Lies_CF(Izm1,0).eq.1) THEN |
| 665 |
if (debug) WRITE(*,*) 'Cas merdouille,',IdAt0, & |
| 666 |
' li? a 1 atome' |
| 667 |
|
| 668 |
IZm2=Lies_CF(IdAt0,1) |
| 669 |
Izm=2 |
| 670 |
CALL vecteur(IZm1,IZm2,x,y,z,vx1,vy1,vz1,norm1) |
| 671 |
! write(*,11) n1,n2,norm1 |
| 672 |
|
| 673 |
ind_zmat(izm,1)=izm2 |
| 674 |
ind_zmat(izm,2)=izm1 |
| 675 |
ind_zmat(izm,3)=0 |
| 676 |
ind_zmat(izm,4)=0 |
| 677 |
ind_zmat(izm,5)=0 |
| 678 |
val_zmat(izm,1)=norm1 |
| 679 |
val_zmat(izm,2)=0.0 |
| 680 |
val_zmat(izm,3)=0.0 |
| 681 |
DejaFait(Izm2)=.TRUE. |
| 682 |
|
| 683 |
! Pour les autres atomes, on prend les atomes |
| 684 |
! CF lie a l'tome CF lie a At0... en esperant |
| 685 |
! qu'il en a !!! |
| 686 |
! => il faudra voir le cas ou il n'en a pas !!! |
| 687 |
! en attendant on rajoute le test... |
| 688 |
IF (Lies_CF(Izm2,0).Eq.0) THEN |
| 689 |
WRITE(*,*) "Je n'arrive pas a trouver les premiers" |
| 690 |
WRITE(*,*) "atomes pour construire la molecule" |
| 691 |
WRITE(*,*) "Atome central li? au plus a 1 atome",Izm1,izm2 |
| 692 |
WRITE(*,*) "Et atome 2 li? a rien... moi perdu" |
| 693 |
STOP |
| 694 |
END IF |
| 695 |
|
| 696 |
! On ajoute les atomes lies a cet atome dans la liste a faire |
| 697 |
Do iaf=1,Lies_CF(Izm2,0) |
| 698 |
CAfaire(IndFin)=Lies_CF(Izm2,Iaf) |
| 699 |
IndFin=IndFin+1 |
| 700 |
END DO |
| 701 |
CAfaire(IndFin)=0 |
| 702 |
Izm3= Lies_CF(Izm2,1) |
| 703 |
Izm=3 |
| 704 |
CALL vecteur(izm2,izm1,x,y,z,vx1,vy1,vz1,norm1) |
| 705 |
|
| 706 |
CALL vecteur(izm2,izm3,x,y,z,vx2,vy2,vz2,norm2) |
| 707 |
val=angle(vx1,vy1,vz1,norm1, & |
| 708 |
vx2,vy2,vz2,norm2) |
| 709 |
|
| 710 |
! write(*,11) n1,n2,norm1,n3,val |
| 711 |
|
| 712 |
ind_zmat(izm,1)=izm3 |
| 713 |
ind_zmat(izm,2)=izm2 |
| 714 |
ind_zmat(izm,3)=izm1 |
| 715 |
ind_zmat(izm,4)=0 |
| 716 |
ind_zmat(izm,5)=0 |
| 717 |
val_zmat(izm,1)=norm1 |
| 718 |
val_zmat(izm,2)=val |
| 719 |
val_zmat(izm,3)=0.0 |
| 720 |
DejaFait(Izm3)=.TRUE. |
| 721 |
|
| 722 |
! je pense que ce qui suit est totalement inutile |
| 723 |
! C DO IdAtl=3,Lies_CF(IdAt0,0) |
| 724 |
! C Izm4= Lies_CF(IdAt0,IdAtl) |
| 725 |
! C Izm=Izm+1 |
| 726 |
! C Call AddLigne(Izm,Izm4,Izm1,Izm2,Izm3,ind_zmat,val_zmat |
| 727 |
! C $,x,y,z) |
| 728 |
! C DejaFait(Izm4)=.TRUE. |
| 729 |
! C END DO |
| 730 |
END IF |
| 731 |
|
| 732 |
! on a cree la premiere couche autour du premier centre |
| 733 |
! reste a finir les autres couches |
| 734 |
IndAFaire=1 |
| 735 |
if (debug) WRITE(IOOUT,*) "CaFaire:",CaFaire |
| 736 |
Do WHILE (Cafaire(IndAFaire).ne.0) |
| 737 |
IAt0=Cafaire(IndAfaire) |
| 738 |
if (debug) WRITE(*,*) "IndAFaire,IAt0,Lies_CF(IAt0,0)", & |
| 739 |
IndAFaire,IAt0,Lies_CF(IAt0,0) |
| 740 |
if (Lies_CF(IAt0,0).ge.1) THEN |
| 741 |
! IAt0 est l'atome pour lequel on construit la couche suivante |
| 742 |
! le premier atome lie est particulier car il definit l'orientation |
| 743 |
! de ce fragment |
| 744 |
IAti=Lies_CF(IAt0,1) |
| 745 |
! WRITE(IOOUT,*) 'IAti:',IAti |
| 746 |
IAtd=IAt0 |
| 747 |
! WRITE(IOOUT,*) 'IAtd:',IAtd |
| 748 |
IAtv=Lies_CP(IAt0,1) |
| 749 |
! WRITE(IOOUT,*) 'IAtv:',IAtv |
| 750 |
IIAtdh=1 |
| 751 |
IAtdh=Lies_CF(IAtv,IIatdh) |
| 752 |
DO WHILE (Iatdh.eq.IAt0) |
| 753 |
IIatdh=IIatdh+1 |
| 754 |
IAtdh=Lies_CF(IAtv,IIatdh) |
| 755 |
END DO |
| 756 |
IF (IAtdh.eq.0) IAtdh=Lies_CP(IAtv,1) |
| 757 |
! WRITE(IOOUT,*) 'IAtdh:',IAtdh |
| 758 |
IF (.NOT.DejaFait(IAti)) THEN |
| 759 |
Izm=Izm+1 |
| 760 |
if (debug) WRITE(*,*) 'izm,IAti,IAtd,IAtv,IAtdh', & |
| 761 |
izm,IAti,IAtd,IAtv,IAtdh |
| 762 |
Call AddLigne(Izm,IAti,IAtd,IAtv,IAtdh,ind_zmat,val_zmat & |
| 763 |
,x,y,z) |
| 764 |
DejaFait(IAti)=.TRUE. |
| 765 |
END IF |
| 766 |
|
| 767 |
CAfaire(IndFin)=Lies_CF(IAt0,1) |
| 768 |
IndFin=IndFin+1 |
| 769 |
! Le traitement des autres est plus facile |
| 770 |
IAtdh=Lies_CF(IAt0,1) |
| 771 |
DO IAta=2,Lies_CF(IAt0,0) |
| 772 |
IAtI=Lies_CF(IAt0,IAta) |
| 773 |
if (debug) WRITE(*,*) " Problem is here; IndFin:",I |
| 774 |
CAfaire(IndFin)=IAtI |
| 775 |
IndFin=IndFin+1 |
| 776 |
|
| 777 |
IF (.NOT.DejaFait(IAti)) THEN |
| 778 |
Izm=Izm+1 |
| 779 |
Call AddLigne(Izm,IAti,IAtd,IAtv,IAtdh,ind_zmat & |
| 780 |
,val_zmat,x,y,z) |
| 781 |
DejaFait(IAti)=.TRUE. |
| 782 |
END IF |
| 783 |
END DO |
| 784 |
|
| 785 |
CAfaire(IndFin)=0 |
| 786 |
END IF |
| 787 |
IndAFaire=IndAFaire+1 |
| 788 |
END DO |
| 789 |
|
| 790 |
|
| 791 |
! On a fini de creer la molecule autour du premier atome 'centre' |
| 792 |
! Pour les autres c'est presque id... sauf que les axes sont deja fixes |
| 793 |
! On pourrait imaginer de mettre des atomes fictifs pour redefinir des axes |
| 794 |
! locaux... dans une autre version |
| 795 |
! V2.0 |
| 796 |
NbAt0=NbAt0-1 |
| 797 |
DO I=1,NbAt0 |
| 798 |
! Boucle pour trouver celui qui a le plus d'atomes CF |
| 799 |
|
| 800 |
IdAt0=0 |
| 801 |
VCF=0 |
| 802 |
|
| 803 |
DO ICAt=1,na |
| 804 |
if ((Lies_CP(ICaT,0).eq.0).AND.(Lies_CF(ICAt,0).gt.VCF)) & |
| 805 |
THEN |
| 806 |
IdAt0=ICat |
| 807 |
VCF=Lies_CF(ICAt,0) |
| 808 |
END IF |
| 809 |
END DO |
| 810 |
Lies_CP(IdAt0,0)=-1 |
| 811 |
|
| 812 |
IF (debug) WRITE(*,*) 'Adding fragment centered on ',IdAt0, & |
| 813 |
LIAISONS(IdAt0,0) |
| 814 |
IF (debug) WRITE(*,*) 'Center linked to ',Lies_CF(IdAt0,0), & |
| 815 |
' atoms' |
| 816 |
! if (LIAISONS(IdAt0,0).EQ.0) goto 12345 |
| 817 |
|
| 818 |
if (debug) THEN |
| 819 |
WRITE(IOOUT,*) 'LIAISONS tralala',nbcycle |
| 820 |
DO IAt=1,na |
| 821 |
WRITE(IOOUT,1003) iat,(LIAISONS(Iat,Jat),Jat=0,NMaxL) |
| 822 |
END DO |
| 823 |
END IF |
| 824 |
|
| 825 |
! Boucle pour voir quel est l'atome du fragment precedent qui est le plus |
| 826 |
! proche de celui ci |
| 827 |
! Rq: si ce sont des cycles lies, il pourrait etre malin de rechercher |
| 828 |
! a quoi il etait lie. |
| 829 |
norm2=1.e6 |
| 830 |
Idx=0 |
| 831 |
DO ICAt=1,Izm |
| 832 |
CALL vecteur(Idat0,ind_zmat(icat,1),x,y,z,vx1,vy1,vz1,norm1) |
| 833 |
if (norm2.ge.norm1) THEN |
| 834 |
norm2=norm1 |
| 835 |
Idx=Icat |
| 836 |
END IF |
| 837 |
END DO |
| 838 |
IF (debug) WRITE(*,*) 'Link between fragments ',IdAt0, & |
| 839 |
ind_zmat(Idx,1), ' -- Idx=',Idx |
| 840 |
|
| 841 |
! on a l'indice... on va rajouter cet atome a la liste ! |
| 842 |
izm=izm+1 |
| 843 |
n1=ind_zmat(Idx,1) |
| 844 |
! Petit probleme si Idx<=2 |
| 845 |
IF (Idx.EQ.1) THEN |
| 846 |
! Pb non negligeable ... |
| 847 |
IF (izm.ge.2) THEN |
| 848 |
IAtv=ind_zmat(2,1) |
| 849 |
IAtdh=ind_zmat(3,1) |
| 850 |
ELSE |
| 851 |
WRITE(*,*) '2 fragments, le 1er a moins de 2 atomes...' |
| 852 |
WRITE(*,*) "J'ai merde... " |
| 853 |
STOP |
| 854 |
END IF |
| 855 |
ELSEIF (Idx.EQ.2) THEN |
| 856 |
IAtv=1 |
| 857 |
IF (izm.ge.2) THEN |
| 858 |
IAtdh=ind_zmat(3,1) |
| 859 |
ELSE |
| 860 |
WRITE(*,*) '2 fragments, le 1er a moins de 2 atomes...' |
| 861 |
WRITE(*,*) "J'ai merde... " |
| 862 |
STOP |
| 863 |
END IF |
| 864 |
ELSE |
| 865 |
IAtv=ind_zmat(Idx,2) |
| 866 |
IAtdh=ind_zmat(Idx,3) |
| 867 |
END IF |
| 868 |
|
| 869 |
! WRITE(*,*) "Outchilou IAtv, IAtdh", IAtv, IAtdh,n1 |
| 870 |
CALL vecteur(n1,IdAt0,x,y,z,vx1,vy1,vz1,norm1) |
| 871 |
CALL vecteur(n1,IAtv,x,y,z,vx2,vy2,vz2,norm2) |
| 872 |
val=angle(vx1,vy1,vz1,norm1, & |
| 873 |
vx2,vy2,vz2,norm2) |
| 874 |
if (debug) WRITE(*,*) 'Angle val:1',IdAt0,n1,IAtv,val |
| 875 |
if ((abs(val).LE.10.).OR.(abs(pi-val).le.10.)) THEN |
| 876 |
IAtv=IAtdh |
| 877 |
! Ceci pose pb si Idx<=3... a traiter plus tard |
| 878 |
IF (Idx.ge.3) THEN |
| 879 |
IAtdh=ind_zmat(Idx,4) |
| 880 |
ELSE |
| 881 |
if (izm.ge.4) THEN |
| 882 |
IAtdh=4 |
| 883 |
ELSE |
| 884 |
WRITE(*,*) 'Pb Angle Val+idx=3+izm<=4' |
| 885 |
STOP |
| 886 |
END IF |
| 887 |
END IF |
| 888 |
END IF |
| 889 |
Call AddLigne(Izm,IdAt0,ind_zmat(Idx,1),IAtv,IAtdh, & |
| 890 |
ind_zmat,val_zmat,x,y,z) |
| 891 |
|
| 892 |
|
| 893 |
IndFin=1 |
| 894 |
IAtd=IdAt0 |
| 895 |
n1=IAtdh |
| 896 |
IAtdh=IAtv |
| 897 |
IAtv=ind_zmat(Idx,1) |
| 898 |
! On ajoute les atomes lies a cet atome dans la liste a faire |
| 899 |
Do iaf=1,Lies_CF(IdAt0,0) |
| 900 |
IatI=Lies_CF(IdAt0,Iaf) |
| 901 |
! We check that this atom is not the one that is the closest to |
| 902 |
! the center atom |
| 903 |
if (IAtv.Ne.IAtI) THEN |
| 904 |
IF (debug) WRITE(*,*) 'Adding atom',IAtI, & |
| 905 |
'to CAFaire in pos',iaf |
| 906 |
CAfaire(IndFin)=IAtI |
| 907 |
IndFin=IndFin+1 |
| 908 |
! On les ajoute aussi dans la zmat |
| 909 |
If (.NOT.DejaFait(IatI)) THEN |
| 910 |
izm=izm+1 |
| 911 |
! WRITE(*,*) "Outchili IAtv, IAtdh,IAtI", IAtv, IAtdh,IAtI |
| 912 |
CALL vecteur(IAtI,IAtD,x,y,z,vx1,vy1,vz1,norm1) |
| 913 |
CALL vecteur(IAtI,IAtv,x,y,z,vx2,vy2,vz2,norm2) |
| 914 |
val=angle(vx1,vy1,vz1,norm1, vx2,vy2,vz2,norm2) |
| 915 |
if (debug) WRITE(*,*) 'Angle val:2',IAtI,IAtD,IAtv,val |
| 916 |
if ((abs(val).LE.10.).OR.(abs(180.-abs(val)).le.10.)) & |
| 917 |
THEN |
| 918 |
Call AddLigne(Izm,IAtI,IAtv,IAtdh,n1, & |
| 919 |
ind_zmat,val_zmat,x,y,z) |
| 920 |
ELSE |
| 921 |
|
| 922 |
Call AddLigne(Izm,IAtI,IAtD,IAtv,IAtdh, & |
| 923 |
ind_zmat,val_zmat,x,y,z) |
| 924 |
END IF |
| 925 |
END IF |
| 926 |
END IF |
| 927 |
END DO |
| 928 |
CAfaire(IndFin)=0 |
| 929 |
|
| 930 |
! On traite le reste de ce fragment !! |
| 931 |
IndAFaire=1 |
| 932 |
WRITE(IOOUT,*) CaFaire |
| 933 |
Do WHILE (Cafaire(IndAFaire).ne.0) |
| 934 |
IAt0=Cafaire(IndAfaire) |
| 935 |
if (Lies_CF(IAt0,0).ge.1) THEN |
| 936 |
! IAt0 est l'atome pour lequel on construit la couche suivante |
| 937 |
! le premier atome lie est particulier car il definit l'orientation |
| 938 |
! de ce fragment |
| 939 |
Itmp=1 |
| 940 |
IAti=Lies_CF(IAt0,Itmp) |
| 941 |
DO WHILE (DejaFait(IAti).AND.(Itmp.Le.Lies_CF(IAt0,0))) |
| 942 |
Itmp=Itmp+1 |
| 943 |
IAti=Lies_CF(IAt0,ITmp) |
| 944 |
END DO |
| 945 |
If (.NOT.DejaFait(Iati)) THEN |
| 946 |
IF (debug) WRITE(IOOUT,*) 'IAti:',IAti |
| 947 |
IAtd=IAt0 |
| 948 |
IF (debug) WRITE(IOOUT,*) 'IAtd:',IAtd |
| 949 |
IAtv=Lies_CP(IAt0,1) |
| 950 |
IF (debug) WRITE(IOOUT,*) 'IAtv:',IAtv |
| 951 |
IIAtdh=1 |
| 952 |
IAtdh=Lies_CF(IAtv,IIatdh) |
| 953 |
DO WHILE (Iatdh.eq.IAt0) |
| 954 |
IIatdh=IIatdh+1 |
| 955 |
IAtdh=Lies_CF(IAtv,IIatdh) |
| 956 |
END DO |
| 957 |
IF (IAtdh.eq.0) IAtdh=Lies_CP(IAtv,1) |
| 958 |
IF (debug) WRITE(IOOUT,*) 'IAtdh:',IAtdh |
| 959 |
Izm=Izm+1 |
| 960 |
Call AddLigne(Izm,IAti,IAtd,IAtv,IAtdh, & |
| 961 |
ind_zmat,val_zmat,x,y,z) |
| 962 |
! Le traitement des autres est plus facile |
| 963 |
IAtdh=Lies_CF(IAt0,ITmp) |
| 964 |
DO IAta=ITmp+1,Lies_CF(IAt0,0) |
| 965 |
IAtI=Lies_CF(IAt0,IAta) |
| 966 |
If (.NOT.DejaFait(IAtI)) THEN |
| 967 |
Izm=Izm+1 |
| 968 |
Call AddLigne(Izm,IAti,IAtd,IAtv,IAtdh, & |
| 969 |
ind_zmat,val_zmat,x,y,z) |
| 970 |
END IF |
| 971 |
END DO |
| 972 |
END IF |
| 973 |
|
| 974 |
! On ajoute les atomes lies a cet atome dans la liste a faire |
| 975 |
Do iaf=1,Lies_CF(IAt0,0) |
| 976 |
CAfaire(IndFin)=Lies_CF(IAt0,Iaf) |
| 977 |
IndFin=IndFin+1 |
| 978 |
END DO |
| 979 |
CAfaire(IndFin)=0 |
| 980 |
END IF |
| 981 |
IndAFaire=IndAFaire+1 |
| 982 |
END DO |
| 983 |
!12345 CONTINUE |
| 984 |
END DO |
| 985 |
|
| 986 |
if (debug) THEN |
| 987 |
WRITE(*,*) 'ind_zmat' |
| 988 |
DO I=1,na |
| 989 |
WRITE(*,'(1X,5I5)') (ind_zmat(i,j),j=1,5) |
| 990 |
END DO |
| 991 |
END IF |
| 992 |
|
| 993 |
|
| 994 |
|
| 995 |
if (debug) WRITE(*,*) "====================== Exiting Calc_zmat ===================" |
| 996 |
|
| 997 |
END SUBROUTINE Calc_Zmat |
| 998 |
|