Revision e75a54af modules/generation_conformeres.py

b/modules/generation_conformeres.py
32 32

  
33 33
mol_input = sys.argv[1]  #nom du fichier d'entree
34 34
n = int(sys.argv[2])  #nombre de conformeres
35
remove_hydrogens = sys.argv[3].lower() in ("yes", "true", "t", "1") # converts the input argument to a boolean
36
rmsd_threshold = float(sys.argv[4])
35
rmsd_threshold = float(sys.argv[3])
37 36

  
38 37
m = Chem.MolFromMolFile('%s/%s.mol' % (Molecule_path, mol_input))  #lecture du fichier d'entree
39 38

  
......
58 57
print 'Detection of identical conformers'
59 58

  
60 59
liste_suppr = []
61
if remove_hydrogens:
62
    m = Chem.RemoveHs(m)
63

  
64 60
for a in range(0,n): 
65 61
    for b in range (a+1,n):
66 62
        if a in liste_suppr:
67 63
            break
68 64
        else :
69 65
            if a != b :
70
                valeur = AllChem.GetBestRMS(m, m, prbId=b, refId=a) 
66
                valeur = AllChem.GetConformerRMS(m, a, b, prealigned=False) 
71 67
                if valeur < rmsd_threshold: #valeur de RMSD limite en dessous de laquelle les conformeres sont consideres comme identiques
72 68
                    liste_suppr.append(a)
73 69

  

Also available in: Unified diff