Chimie Théorique » scripts_chimie4psmn » DockOnSurf

#!/bin/bash

# script surface.xyz at.surf molecule.xyz at.mol distance at.surf2 at.mol2 alpha theta output(.xyz)

distance_mol_surf=2

nom_de_la_molecule=$1

surface_d_adsorption=$2

list_atom_1_mol=($3)

list_atom_2_mol=($4)

list_atom_surf=($5)

nombre_atom_mol=${#list_atom_1_mol[@]}

angles_phi=(0 0 0 270 270 270 180 180 180 90 90 90)

angles_theta=(0 300 300 0 300 300 0 300 300 0 300 300)

angles_psi=(0 0 315 0 0 315 0 0 315 0 0 315)

nombre_atom_surf=${#list_atom_surf[@]}

nombre_angles=${#angles_phi[@]}

if [ ! -d ${MolOnSurf_results_path}/${nom_de_la_molecule} ]

then mkdir ${MolOnSurf_results_path}/${nom_de_la_molecule}

else

	echo "There is already a directory for this molecule: remove this directory?"

	read reponse

	if [[ "$reponse" == "yes" ]]

	then rm -r ${MolOnSurf_results_path}/${nom_de_la_molecule}/*

	fi 

fi

##################

# Détermination du numéro correspondant à la molécule ayant la structure la plus stable

##################

n="$(find ${Molecule_results_path}/${nom_de_la_molecule}/${nom_de_la_molecule}*/coord.xyz | wc -l)"

min_energy_molecule=0

for ((a=1; a<=n; a++)) ; do

	energy_molecule="$(awk '/ENERGY/{E=$NF} END{print E}' ${Molecule_results_path}/${nom_de_la_molecule}/${nom_de_la_molecule}_$a/*${nom_de_la_molecule}.out)"

	if [[ "$energy_molecule" > "$min_energy_molecule" ]]

	then 

		min_energy_molecule=$energy_molecule

		numero_mol_stable=$a

	fi

done

##################

# Génération des structures de molécules adsorbées sur la surface

##################

b=1

mkdir ${MolOnSurf_results_path}/${nom_de_la_molecule}/coords

molecule_a_adsorber=${nom_de_la_molecule}_${numero_mol_stable}

for ((i=0; i<${nombre_atom_surf}; i++)) ; do

	atom_surf=${list_atom_surf[$i]}

	for ((j=0; j<${nombre_atom_mol}; j++)) ; do

		atom_1_mol=${list_atom_1_mol[$j]}

		atom_2_mol=${list_atom_2_mol[$j]}

		echo " "

		echo "Adsorption of atom $atom_1_mol on atom $atom_surf" 

		for ((k=0; k<${nombre_angles}; k++)) ; do

			angle_phi=${angles_phi[$k]}

			angle_theta=${angles_theta[$k]}

			angle_psi=${angles_psi[$k]}

			${DockOnSurf_path}/modules/add_adsorbate_euler+dissociation.py ${Surface_path}/${surface_d_adsorption}.xyz ${atom_surf} ${Molecule_results_path}/${nom_de_la_molecule}/${molecule_a_adsorber}/coord.xyz ${atom_1_mol} ${distance_mol_surf} ${atom_2_mol} ${angle_phi} ${angle_theta} ${angle_psi} ${MolOnSurf_results_path}/${nom_de_la_molecule}/coords/${nom_de_la_molecule}_$b

			b=$((b+1))

		done

	done

done

for file_molsurf in ${MolOnSurf_results_path}/${nom_de_la_molecule}/coords/*; do

	name="$(echo $file_molsurf | awk -F/ '{print $NF}' | awk -F. '{print $(NF-1)}')"

	mkdir ${MolOnSurf_results_path}/${nom_de_la_molecule}/$name

	mv $file_molsurf ${MolOnSurf_results_path}/${nom_de_la_molecule}/$name/coord.xyz

done

rm -r ${MolOnSurf_results_path}/${nom_de_la_molecule}/coords