Chimie Théorique » scripts_chimie4psmn » DockOnSurf

#!/usr/bin/env python

# -*- coding: utf-8 -*-

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#                                                                            #

#  Recherche de n conformeres a partir d'un fichier .mol, optimisation UFF   # 

#                                                                            #

#  fonctionne avec 2 arguments :                                             #

#  - nom de la molecule (aussi nom du fichier d'entree sans .mol)            #

#  - nombre de conformeres                                                   #

#                                                                            #

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#Generation des conformeres

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#importation des modules nécessaires

import sys

import rdkit

import os

import glob

from rdkit import Chem

from rdkit.Chem import AllChem

Molecule_results_path=os.environ.get('Molecule_results_path')

Molecule_path=os.environ.get('Molecule_path')

print 'Conformer generation'

mol_input = sys.argv[1]  #nom du fichier d'entree

n = int(sys.argv[2])  #nombre de conformeres

m = Chem.MolFromMolFile('%s/%s.mol' % (Molecule_path, mol_input))  #lecture du fichier d'entree

writer = Chem.SDWriter('%s/%s_confs.mol' % (Molecule_results_path, mol_input))

m = Chem.AddHs(m)  #ajout des hydrogenes a la molecule

m.SetProp("_Name","%s" % mol_input)  #ajout du nom de la molecule

L = AllChem.EmbedMultipleConfs(m, numConfs=n)  #liste des identifiants des n differents conformeres

for i in L:

    AllChem.UFFOptimizeMolecule(m, confId=i)  #optimisation de la molecule pour un identifiant de conformere donne

    writer.write(m, confId=i)  #ecriture de la geometrie du conformere dans le fichier de sortie

writer.close()

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#Detection des conformeres identiques

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print 'Detection of identical conformers'

liste_suppr = []

for a in range(0,n): 

    for b in range (a+1,n):

        if a in liste_suppr:

            break

        else :

            if a != b :

                valeur = AllChem.GetBestRMS(m, m, prbId=b, refId=a) 

                if valeur < 0.01: #valeur de RMSD limite en dessous de laquelle les conformeres sont consideres comme identiques

                    liste_suppr.append(a)

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#Separation en plusieurs fichiers 

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#fait uniquement pour les conformeres differents

if not os.path.exists('%s/%s_confs' % (Molecule_results_path, mol_input)):  #verification de l'existance du dossier dans lequel les n fichiers seront ecrits

    os.mkdir('%s/%s_confs' % (Molecule_results_path, mol_input))  #creation du dossier si inexistant

else :

    liste=glob.glob('%s/%s_confs/*.mol' % (Molecule_results_path, mol_input))

    for file in liste:

        os.remove(file)

i = 1

liste_ok = []

liste_non_ok = []

nb_lines = sum(1 for line in open('%s/%s_confs.mol' % (Molecule_results_path, mol_input))) #lecture du nombre de lignes total du fichier contenant les n conformeres

lg = nb_lines/n #calcul du nombre de lignes pour un conformere

for j in range(0,n):

    if j not in liste_suppr :

        liste_ok.append(j)

        l = 1 #compteur du numero de ligne

        lg_init = 1 + lg * j  #numero de la ligne a laquelle la structure du conformere commence

        lg_fin = lg * (j + 1) #numero de la ligne a laquelle la structure du conformere termine

        line = open('%s/%s_confs.mol' % (Molecule_results_path, mol_input)).readline()

        with open('%s/%s_confs.mol' % (Molecule_results_path, mol_input)) as fp:

            #si la ligne est comprise entre la ligne a laquelle la structure du conformere commence et la ligne a laquelle elle termine alors cette ligne est copiee dans le fichier correspondant au numero du conformere

            for line in fp :

                if l <= lg_fin :

                    if l >= lg_init :

                        file = open('%s/%s_confs/%s_%s.mol' % (Molecule_results_path, mol_input, mol_input, i),"a")

                        file.write(line)

                        file.close()

                    l += 1

                else :

                    break

        i += 1

    else:

        liste_non_ok.append(j)

os.remove('%s/%s_confs.mol' % (Molecule_results_path, mol_input))

print ('number of removed conformers : %s' % (len(liste_non_ok)))

#print liste_non_ok

print ('number of conformers considered as different : %s' % (len(liste_ok)))